MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Borrelia crocidurae str. Achema plasmid unnamed

Total Repeats: 206

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017784	CTT	2	6	31	36	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386858689
2	NC_017784	CAA	2	6	81	86	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386858689
3	NC_017784	CAG	2	6	126	131	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386858689
4	NC_017784	ATT	2	6	142	147	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386858689
5	NC_017784	AGC	2	6	148	153	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386858689
6	NC_017784	TAT	2	6	214	219	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386858689
7	NC_017784	CT	3	6	257	262	0 %	50 %	0 %	50 %	386858689
8	NC_017784	CAA	2	6	303	308	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386858689
9	NC_017784	TTA	2	6	311	316	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386858689
10	NC_017784	CAT	2	6	457	462	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386858690
11	NC_017784	TCCT	2	8	493	500	0 %	50 %	0 %	50 %	386858690
12	NC_017784	CTC	2	6	501	506	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386858690
13	NC_017784	CTC	2	6	513	518	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386858690
14	NC_017784	ATC	4	12	539	550	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386858690
15	NC_017784	TCATTC	2	12	564	575	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	386858690
16	NC_017784	CT	3	6	591	596	0 %	50 %	0 %	50 %	386858690
17	NC_017784	CTT	2	6	612	617	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386858690
18	NC_017784	CTA	2	6	806	811	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386858691
19	NC_017784	CTG	2	6	817	822	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386858691
20	NC_017784	CT	3	6	830	835	0 %	50 %	0 %	50 %	386858691
21	NC_017784	TCT	2	6	883	888	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386858691
22	NC_017784	TCT	2	6	897	902	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386858691
23	NC_017784	CTT	3	9	949	957	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386858691
24	NC_017784	TCC	2	6	959	964	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386858691
25	NC_017784	ATT	2	6	1124	1129	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386858691
26	NC_017784	CTG	2	6	1153	1158	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386858691
27	NC_017784	CAC	2	6	1186	1191	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386858691
28	NC_017784	CAT	2	6	1225	1230	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386858691
29	NC_017784	TTA	2	6	1275	1280	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386858691
30	NC_017784	CTG	2	6	1300	1305	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386858691
31	NC_017784	CTG	2	6	1342	1347	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386858691
32	NC_017784	TGC	2	6	1424	1429	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386858691
33	NC_017784	CTT	2	6	1519	1524	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386858691
34	NC_017784	T	6	6	1533	1538	0 %	100 %	0 %	0 %	386858691
35	NC_017784	T	6	6	1572	1577	0 %	100 %	0 %	0 %	386858691
36	NC_017784	CTT	2	6	1603	1608	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386858691
37	NC_017784	CCT	2	6	1638	1643	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386858691
38	NC_017784	TTC	2	6	1650	1655	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386858691
39	NC_017784	CAT	2	6	1745	1750	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386858691
40	NC_017784	TCCCC	2	10	1763	1772	0 %	20 %	0 %	80 %	386858692
41	NC_017784	C	6	6	1769	1774	0 %	0 %	0 %	100 %	386858692
42	NC_017784	TCC	5	15	1777	1791	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386858692
43	NC_017784	CAT	2	6	1834	1839	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386858692
44	NC_017784	CAC	3	9	1840	1848	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386858692
45	NC_017784	CAT	4	12	1849	1860	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386858692
46	NC_017784	TCTTAT	2	12	1867	1878	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	386858693
47	NC_017784	CTC	2	6	1887	1892	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386858693
48	NC_017784	TTTTC	2	10	1893	1902	0 %	80 %	0 %	20 %	386858693
49	NC_017784	TC	4	8	1905	1912	0 %	50 %	0 %	50 %	386858693
50	NC_017784	CT	3	6	1913	1918	0 %	50 %	0 %	50 %	386858693
51	NC_017784	T	6	6	1918	1923	0 %	100 %	0 %	0 %	386858693
52	NC_017784	TC	3	6	1929	1934	0 %	50 %	0 %	50 %	386858693
53	NC_017784	T	6	6	1946	1951	0 %	100 %	0 %	0 %	386858693
54	NC_017784	TTTC	2	8	1960	1967	0 %	75 %	0 %	25 %	386858693
55	NC_017784	TCT	2	6	2155	2160	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386858694
56	NC_017784	CTTA	2	8	2250	2257	25 %	50 %	0 %	25 %	386858694
57	NC_017784	GCT	2	6	2269	2274	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386858694
58	NC_017784	T	6	6	2297	2302	0 %	100 %	0 %	0 %	386858694
59	NC_017784	AAC	2	6	2319	2324	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386858694
60	NC_017784	GCT	2	6	2365	2370	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386858694
61	NC_017784	TCTT	2	8	2380	2387	0 %	75 %	0 %	25 %	386858694
62	NC_017784	AGT	2	6	2397	2402	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386858694
63	NC_017784	TCA	2	6	2413	2418	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386858694
64	NC_017784	AGC	3	9	2448	2456	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386858694
65	NC_017784	AT	3	6	2522	2527	50 %	50 %	0 %	0 %	386858694
66	NC_017784	GCT	2	6	2563	2568	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386858694
67	NC_017784	TAT	2	6	2591	2596	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386858694
68	NC_017784	CAG	2	6	2597	2602	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386858694
69	NC_017784	AAT	2	6	2614	2619	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386858694
70	NC_017784	T	6	6	2627	2632	0 %	100 %	0 %	0 %	386858694
71	NC_017784	CAA	2	6	2696	2701	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386858694
72	NC_017784	CCA	2	6	2782	2787	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386858694
73	NC_017784	CTT	2	6	2820	2825	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386858694
74	NC_017784	TTC	2	6	2862	2867	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386858694
75	NC_017784	TC	3	6	2912	2917	0 %	50 %	0 %	50 %	386858694
76	NC_017784	C	6	6	3003	3008	0 %	0 %	0 %	100 %	386858695
77	NC_017784	CCA	2	6	3111	3116	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386858695
78	NC_017784	CAT	2	6	3134	3139	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386858695
79	NC_017784	TAC	2	6	3152	3157	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386858695
80	NC_017784	TTC	2	6	3162	3167	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386858695
81	NC_017784	T	7	7	3179	3185	0 %	100 %	0 %	0 %	386858695
82	NC_017784	TTC	2	6	3191	3196	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386858695
83	NC_017784	CTT	2	6	3223	3228	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386858695
84	NC_017784	TCT	2	6	3232	3237	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386858695
85	NC_017784	CAG	2	6	3480	3485	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386858696
86	NC_017784	AGC	2	6	3499	3504	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386858696
87	NC_017784	CAG	2	6	3531	3536	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386858696
88	NC_017784	TAG	2	6	3552	3557	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386858696
89	NC_017784	ATCA	2	8	3577	3584	50 %	25 %	0 %	25 %	386858696
90	NC_017784	CTG	2	6	3636	3641	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386858696
91	NC_017784	TTA	2	6	3650	3655	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386858696
92	NC_017784	AGT	2	6	3682	3687	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386858696
93	NC_017784	AGC	2	6	3694	3699	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386858696
94	NC_017784	ACC	2	6	3709	3714	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386858696
95	NC_017784	CTT	2	6	3753	3758	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386858696
96	NC_017784	CAA	2	6	3759	3764	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386858696
97	NC_017784	AGT	2	6	3856	3861	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386858696
98	NC_017784	TTAG	2	8	3875	3882	25 %	50 %	25 %	0 %	386858696
99	NC_017784	CAT	2	6	3906	3911	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386858696
100	NC_017784	AAC	2	6	3934	3939	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386858696
101	NC_017784	GAA	2	6	3971	3976	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386858696
102	NC_017784	TCC	3	9	4021	4029	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386858696
103	NC_017784	ATC	2	6	4066	4071	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386858696
104	NC_017784	GCA	2	6	4082	4087	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386858696
105	NC_017784	A	6	6	4169	4174	100 %	0 %	0 %	0 %	386858696
106	NC_017784	TTC	2	6	4178	4183	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386858696
107	NC_017784	CTC	2	6	4206	4211	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386858696
108	NC_017784	CATCAC	2	12	4237	4248	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	386858696
109	NC_017784	CAC	3	9	4246	4254	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386858696
110	NC_017784	CAT	3	9	4255	4263	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386858696
111	NC_017784	ATC	2	6	4265	4270	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386858696
112	NC_017784	CTAT	2	8	4274	4281	25 %	50 %	0 %	25 %	386858696
113	NC_017784	CTT	2	6	4887	4892	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386858697
114	NC_017784	TAC	2	6	4897	4902	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386858697
115	NC_017784	TCC	2	6	4958	4963	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386858697
116	NC_017784	CCT	2	6	5013	5018	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386858697
117	NC_017784	AGT	2	6	5036	5041	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386858697
118	NC_017784	ATT	2	6	5054	5059	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386858697
119	NC_017784	AAC	2	6	5069	5074	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386858697
120	NC_017784	TGA	2	6	5087	5092	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386858697
121	NC_017784	TCTCC	2	10	5110	5119	0 %	40 %	0 %	60 %	386858697
122	NC_017784	ATA	2	6	5131	5136	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386858697
123	NC_017784	CTG	2	6	5140	5145	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386858697
124	NC_017784	CAT	2	6	5155	5160	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386858697
125	NC_017784	TTA	2	6	5205	5210	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386858697
126	NC_017784	CTG	2	6	5272	5277	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386858697
127	NC_017784	CTG	2	6	5329	5334	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386858697
128	NC_017784	TGC	2	6	5354	5359	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386858697
129	NC_017784	CTT	2	6	5449	5454	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386858697
130	NC_017784	C	7	7	5485	5491	0 %	0 %	0 %	100 %	386858697
131	NC_017784	TCT	2	6	5580	5585	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386858697
132	NC_017784	A	6	6	5647	5652	100 %	0 %	0 %	0 %	386858697
133	NC_017784	CTC	2	6	5664	5669	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386858697
134	NC_017784	CAT	2	6	5678	5683	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386858697
135	NC_017784	CTC	2	6	5711	5716	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386858698
136	NC_017784	CTC	2	6	5720	5725	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386858698
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206	NC_017784	ACC	2	6	10035	10040	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386858701

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.